Caro Massi,
per quello che ne so io, non per esperienza diretta ma per aver letto qualcosa in giro ed essermi informato un pò da uomo della strada, avendo anch'io il lievito naturale, potrebbero essere tante cose, ed alcune di queste anche un pò pericolose. In particolare uova di invertebrati e di insetti vari possono presentare aspetto simile a quello che dici tu. Anche colture iniziali di microrganismi patogeni come innanzitutto pseudomonas aeruginosa ma anche tanti altri hanno colore rosso o rosso - marrone. La cosa strana é che tu dici che appaiono nel prodotto surgelato... se fosse roba del genere dovrebbe formarsi nel prodotto fresco o ancora più frequentemente durante lo scongelamento ( soprattutto salmonelle e simili ). Le uova le ho viste solo a temperatura ambiente e le colture rosse di patogeni le ho viste anche formarsi in formaggi freschi e yoghurt in frigorifero. Non é detto però che non si tratti di impurità della farina che col gelo si evidenziano... se ci tieni al tuo crisceto dovresti comunque farlo vedere a qualcuno _molto più esperto di me_; se riuscissi _solo così_ ad essere sicuro dell'innocuità dei puntini rossi  ma si trattasse comunque di colture o uova di organismi non patogeni potresti provare a liberartene con una serie di rinfreschi ad alte temperature e portando molto in acido l'impastino...
Io comunque se fosse mio, ma ti ripeto, sono un principiante panificatore domestico ed il mio parere lascia il tempo che trova, farei molta molta attenzione soprattutto nel manipolare e gestire il lievito, ma eviterei anche di usarlo cotto perché alcune tossine prodotte da alcuni patogeni ( soprattutto funghi e muffe ) sono termoresistenti e mantengono la loro tossicità anche con la cottura... e soprattutto cercherei il consiglio di un _VERO ESPERTO_.
Saluti e simpatia
Francesco
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