Caro Mauro, sicuramente il metodo di cottura che usi, non ti darà mai il risultato sperato, dovrai accontentarti,  comunque, le pietre devi posizionarle più sù, altrimenti, e lo hai potuto constatare, sopra restano crude.
Fai un impasto unico, partendo con l'acqua, il lievito, metà farina, il sale e gradualmente il resto della farina.
Impasto e panetti devono stare in un recipiente chiuso, altrimenti si forma la crosticina e ...addio.
Ti consiglio, se sei un amante della pizza, di regalarTi un bel fornetto.
Saluti Falcon

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